例えば、西船橋駅なんかだと、JRと東西線の間に改札内改札があって一旦精算する形になります。

今回のように、京葉線からりんかい線に直通運転する場合もなんらかの仕組みがいるという事になります。
まずは、ホームライナーという形で、ライナー券を購入するという形で差分精算をしてもらうという実証実験を行うようです。

調べてみたところ、京葉線とりんかい線の直通にする問題については、熊谷千葉市長は随分前から発言されていたようです。

幕張メッセで今日まで行われていたfoodexでJR京葉線とりんかい線と直通運転が特別列車ですが実現。京葉線のアクセス改善のために私たちは以前から、りんかい線との相互乗り入れを要望してきましたが、料金清算が困難なことから実現していません。県とともに強く要望していきます

— 熊谷俊人（千葉市長） (@kumagai_chiba) 2012, 3月 9

JRとしても湘南新宿ラインの例もあり、広域路線を確保するという流れは悪く無いと思います。上野・東京間が直通となって宇都宮線、常磐線から東海道線への直通運転も始まる事も決まってますし。新宿から京葉線経由で千葉方面に出れるとかなり利便性があがりそうな気がしますね。

総武線沿線としては、現在特急やホームライナーでしか行っていない、総武快速線と中央線の快速運転が実現するといいなと思ったりしますね。ただ、ダイヤがかなり複雑になりそうではありますが。