元々、vimとか、php5が導入される前の時点で、php5を自前でコンパイルして入れていたんですが、OS依存のライブラリが変わった影響らしく、動かなくなっていました。
既に、php5がデフォルトで入ってたんだが、前の設定のままで使っていたので、phpをつかって表示していたページの一部がInternal Server Errorになってしまっていた。

ローカルのPHP5へのパスを解除したら、大分動くようになったんだが、まだ動かないページがあって、少し悩んだ。どうやら、自前でいれていた一部のPEARライブラリが存在しない為のようでした。
ローカル入れていたライブラリを参照するように出来ないものかと思って、調べたらphp.iniで指定できるようだったの、設定していみたら動かなくなっていたページが表示されるようになりました。

include_path=".:/home/xxxxx/php/pear"

ってな感じです。

結果としては、大した事はなかったんですが、備忘録として記録を残しておきます。